中心主任办公室：中心主任余应新，负责中心的日常管理和决策，协调各部门之间的工作，制定实验教学示范中心发展规划和政策。
实验教学部：负责教学实验的组织和管理，制定实验课程和教学大纲。
实验室管理部：负责实验室的运行管理，包括安全管理、设备维护、实验耗材采购等，确保实验室的正常运转。
培训与技术支持部：负责开展实验课程培训和技术支持服务，提供教师和学生的培训需求，解答技术问题和提供技术指导。
学生实践指导部：负责指导学生参加全国大学生实践创新大赛，组织实践创新项目和实验技能大赛，培养学生的实践操作能力和创新思维。
管理与服务部：负责中心内部事务的管理和行政服务，包括中心网站维护，管理等，提供实验中心后勤支持和便利条件。